MetaGen@TM 2.0

Titlul proiectului: Analiza bioinformatică metagenomică integrată a datelor de secvențiere Nanopore generate utilizând chimia Q20+

Cod proiect: CNFIS-FDI-2023-F-0355

Director proiect: Prof.univ.dr. Oancea Cristian

Buget proiect: 194.500 LEI

Descriere proiect: Analiza comprehensiva a microbiotei este esențială pentru înțelegerea impactului acestora asupra fiziologiei și patologiei animale și vegetale. Identificarea prin tehnici Nanopore cu noua chimie Q20+/V14 (cu o acuratețe de citire directă a speciilor de acizi nucleici de peste 99%) permite identificarea taxonomică și analiza comparativă (bioinformatică) a tuturor speciilor microbiene, fungice și virale.

Obiectivele specifice ale proiectului:

• O1. Implementarea de proceduri standardizate bazate pe noua chimie Q20+ de identificare microbiană, fungică și virală într-o probă biologică.
• O2. Implementarea de proceduri bioinformatice de identificare microbiană și reconstrucție a genomului bacterian.
• O3. Implementarea de proceduri bioinformatice de analiză comparativă a compoziției bacteriene a populațiilor bacteriene complexe.

Obiectivele prezentate presupun doua categorii de activități:

1. Adaptarea tehnicilor existente la tehnologia bazată pe chimia Q20+
2. Introducerea de proceduri bioinformatice care să adreseze nevoile recent identificate ale comunității academice (analiza taxonomică, analiza comparativă, reconstrucția de genom bacterian)
   Aceste activități extind semnificativ (cu accent pe platforma bioinformatică) oportunitățile de colaborare ale LDBM, pe diverse direcții de cercetare, cu întreaga comunitate academică din Timișoara.
   Toate procedurile vor fi implementate în cadrul proiectului în acord cu bunele practici în domeniu (WHO Guide, 08.01.2021; Hornung et al. FEMS Microbiology Ecology, 2019).

Rezultate/indicatori asumaţi:

• R1-A1 Ghid de proceduri de secvențiere metagenomică folosind platforma Nanopore și chimia Q20+ cu aplicații pe amestecuri complexe.
• R2-A1 Set de minim 24 de amestecuri bacteriene complexe analizate prin secvențiere metagenomică folosind platforma Nanopore și chimia Q20+.
• R1-A2 Ghid de proceduri bioinformatice de analiză comparativă a amestecurilor bacteriene complexe folosind programele MEGAN6 și Unifrac, care va fi publicat în format digital pe site-ul UMF Timișoara.