Director proiect: Prof.univ.dr. Cristian Oancea
Cod final de înregistrare: | CNFIS-FDI-2024-F-0451 |
Denumire instituţie: | UNIVERSITATEA DE MEDICINA SI FARMACIE „VICTOR BABEŞ” TIMISOARA |
Titlu proiect: | Dezvoltarea capacității de cercetare inter-disciplinară și inovare a UMFVBT în domeniul tehnologiilor de secvențiere long reads de ultimă generație |
Domeniu vizat: | 6.Dezvoltarea capacității instituționale pentru cercetare din instituțiile de învățământ superior |
Bugetul aprobat: | 360.000 LEI |
Scopul proiectului: | Promovarea, stimularea și dezvoltarea utilizării tehnologiilor de secvențiere de ultimă generație în vederea creșterii performanței și vizibilității activității de cercetare prin:
|
Nr. Crt. | Obiectiv Nomenclator Național – corelare | Detaliere Obiectiv specific |
1 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități de secvențiere). |
2 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor nucleotidice generate prin secvențiere de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități informatice și de stocare). |
3 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere de ultimă generație, care extind gama de tehnici introduse prin proiectele FDI pe Domeniul 6 implmentare anterior în cadrul UMFVBT. |
4 | OG6.6.Susținerea activităților desfășurate de instituțiile de învățământ superior pentru dezvoltarea cercetării universitare | Organizarea de sesiuni de instruire practică a utilizării instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică și interpretare a rezultatelor de secvențiere. |
5 | OG6.6.Susținerea activităților desfășurate de instituțiile de învățământ superior pentru dezvoltarea cercetării universitare | Suport privind cercetările specifice (inclusiv documentare, analiză, interpretare, experimente, proiecte științifice) prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați secvențierii de nouă generație a proiectelor de cercetare ale studenților, masteranzilor, doctoranzilor si personalului didactic al UMFVBT. |
6 | OG6.5.Alte obiective specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel institutional | Coorodonarea echipei de proiect în vederea îndeplinirii obiectivelor asumate și a activităților propuse, conform calendarului proiectului. Întocmirea documentelor pentru raportările tehnico-financiare intermediară și finală. |
Nr. Crt. | Denumire scurtă Activitate | Detaliere Activitate |
1 | A.1.1 Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație L1-3 | Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități de secvențiere) – achiziționarea și operaționalizarea unui nou pachet MK1B. |
2 | A.1.2 Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads L1-4 | Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads (achiziționare prin cofinanțare de noi unități informatice si de stocare). Experiența în secvențierea long-reads a reliefat necesitatea utilizării pentru analiza bioinformatică a citirilor Nanopore a unor sisteme informatice cu capacități computaționale ridicate. Recent lansatele cipuri Apple M3 oferă puterea de calcul necesară pentru a susține tehnologia Nanopore, integrându-se perfect cu software-ul care procesează citirile instrumentelor MinION și le transformă) în informații utilizabile. Prin prezentul proiect ne propunem achiziționarea unui sistem de calcul complex, precum și a unui sistem mobil de stocare externă LaCie 5TB Rugged USB-C Portable Hard Drive și un sistem automat de salvare a datelor LaCie Mobile Drive Secure. |
3 | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads L1-5 | Această activitate presupune derularea a două sub-activități: SA.1.3.1 Algoritm de analiză prin secvențiere long reads a plasmidelor Vor fi implementate tehnici care vizează toate etapele practice wet-lab (izolare plasmide, pregătire librarii, pregătire și amorsare celulă de secvențiere), precum și analiza bio-informatică a secvențelor generate. SA.1.3.2 Algoritm de analiza prin secvențiere adaptativă, targetată Secvențierea adaptativă presupune concentrarea secvențierii pe regiunile genomice de interes. Vom urmări două tipuri principale de abordări:
|
4 | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT L1-L4; L6-L9 | Organizarea de sesiuni de instruire practică a utilizării instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică a rezultatelor de secvențiere. Aceste sesiuni vor oferi cursanților (focus pe studenții, masteranzii și doctoranzii UMFVBT) experiența teoretică și practică necesară pentru a efectua experimente de secvențiere long reads folosind platforma Nanopore. |
5 | A.3.1 Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT L1-L9 | Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT studenților UMFVBT (nivel de licență/ masterat/ doctorat) care includ componente de analiză metagenomica se va realiza prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați experimentelor de secvențiere long reads, în limita bugetului acestui proiect. |
6 | A.4.1 Management și implementare L1-L9 | Managementul și implementarea proiectului presupun coordonarea echipei proiectului în scopul îndeplinirii obiectivelor asumate, conform calendarul stabilit; realizarea achizițiilor necesare derulării proiectului; organizarea și realizarea sesiunilor de consiliere a resursei umane și susținerea activității de cercetare a studenților/ masteranzilor/ doctoranzilor; publicarea informațiilor despre proiect pe pagina dedicată din site-ul UMFVBT; întocmirea documentelor aferente raportărilor tehnice și financiare, intermediară și finală. |
Nr. Crt. | Rezultat Nomenclator Național – corelare | Detaliere rezultat specific | Activitate aferentă |
1 | RG6.01. Aplicații și instrumente IT | Achiziția și instalarea/ operaționalizarea unui instrument de secvențiere Nanopore MK1B | A.1.1 Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație |
2 | RG6.01. Aplicații și instrumente IT | Achiziția unui sistem informatic cu sistem mobil de stocare externă și sistem automat de salvare a datelor | A.1.2 Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads |
3 | RG6.02. Materiale/ instrumente pentru susținerea cercetării (proceduri/lucrări științifice/suporturi de curs/curricule) | Ghid de proceduri de secvențiere long reads și analiza prin secvențiere a plasmidelor, publicat în pe site-ul UMFVBT, în secțiunea dedicată proiectului. | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads |
4 | RG6.02. Materiale/ instrumente pentru susținerea cercetării (proceduri/lucrări științifice/suporturi de curs/curricule) | Ghid de proceduri de secvențiere targetată/ adaptativă, publicat în format pe site-ul UMFVBT, în secțiunea dedicată proiectului. | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads |
5 | RG6.07. Activități/instrumente pentru susținerea cercetării (workshop-uri, programe de cercetare,consultanță) | Minim două sesiuni de instruire practică privind utilizarea instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică și interpretare a rezultatelor de secvențiere, pentru studenți/ masteranzi/ doctoranzi sau personal didactic/ de cercetare al UMFVBT. | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
6 | RG6.06. Studenți/cursanți informați/formați/participanți/implicați | Minim 6 studenți/ masteranzi/ doctoranzi participanți la sesiunea de instruire practică | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
7 | RG6.05. Cadre didactice/ personal didactic auxiliar perfecționate/specializate/evaluate | Minim 6 cadre didactice/ de cercetare din acdrul UMFVBT participante la sesiunile de instruire practică | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
8 | RG6.07. Activități/instrumente pentru susținerea cercetării (workshop-uri, programe de cercetare,consultanță) | Minim 3 proiecte susținute direct prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați experimentelor de secvențiere. | A.3.1 Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT |
9 | RG6.10. Alte rezultate specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel instituțional | Un raport intermediar tehnic și financiar | A.4.1 Management și implementare |
10 | RG6.10. Alte rezultate specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel instituțional | Un raport final de îndeplinire obiective și indicatori de rezultat asumați | A.4.1 Management și implementare |
Începând cu data de 01.04.2024 studenții (ciclul de licență, masterat, doctorat) și cadrele didactice ale UMFVBT interesate să includă în temele lor de cercetare aspecte de metagenomică sunt invitate să contacteze colectivul proiectului CNFIS-FDI-2024-F-0451 la sediul disciplinei de Biochimie, luni-vineri între orele 14:00-15:00, unde Prof. Dr. Ovidiu Sirbu (ovidiu.sirbu@umft.ro) și Ș.L. Dr. Aimee Chis (aimee.chis@umft.ro) vă pot oferi informații despre:
- tehnici de analiza metagenomica disponibile la UMFVBT
- modalități de recoltare, prezervare și prelucrare a probelor biologice în vederea analizei metagenomice
- modalități de analiză metagenomică a amestecurilor biologice complexe
- modalități de interpretare a rezultatelor de secvențiere long reads.
Prin acest proiect FDI, UMFVBT poate sprijini punctual proiectele mature conceptual, inclusiv prin completarea necesarului analitic (experimental, bioinformatic) identificat de colectivul proiectului împreună cu solicitanții.