Director proiect: Prof.univ.dr. Cristian Oancea
Cod final de înregistrare: | CNFIS-FDI-2024-F-0451 |
Denumire instituţie: | UNIVERSITATEA DE MEDICINA SI FARMACIE „VICTOR BABEŞ” TIMISOARA |
Titlu proiect: | Dezvoltarea capacității de cercetare inter-disciplinară și inovare a UMFVBT în domeniul tehnologiilor de secvențiere long reads de ultimă generație |
Domeniu vizat: | 6.Dezvoltarea capacității instituționale pentru cercetare din instituțiile de învățământ superior |
Bugetul aprobat: | 360.000 LEI |
Scopul proiectului: | Promovarea, stimularea și dezvoltarea utilizării tehnologiilor de secvențiere de ultimă generație în vederea creșterii performanței și vizibilității activității de cercetare prin:
|
Nr. Crt. | Obiectiv Nomenclator Național – corelare | Detaliere Obiectiv specific |
1 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități de secvențiere). |
2 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor nucleotidice generate prin secvențiere de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități informatice și de stocare). |
3 | OG6.1.Suport pentru activitățile de excelență în cercetare | Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere de ultimă generație, care extind gama de tehnici introduse prin proiectele FDI pe Domeniul 6 implmentare anterior în cadrul UMFVBT. |
4 | OG6.6.Susținerea activităților desfășurate de instituțiile de învățământ superior pentru dezvoltarea cercetării universitare | Organizarea de sesiuni de instruire practică a utilizării instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică și interpretare a rezultatelor de secvențiere. |
5 | OG6.6.Susținerea activităților desfășurate de instituțiile de învățământ superior pentru dezvoltarea cercetării universitare | Suport privind cercetările specifice (inclusiv documentare, analiză, interpretare, experimente, proiecte științifice) prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați secvențierii de nouă generație a proiectelor de cercetare ale studenților, masteranzilor, doctoranzilor si personalului didactic al UMFVBT. |
6 | OG6.5.Alte obiective specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel institutional | Coorodonarea echipei de proiect în vederea îndeplinirii obiectivelor asumate și a activităților propuse, conform calendarului proiectului. Întocmirea documentelor pentru raportările tehnico-financiare intermediară și finală. |
Nr. Crt. | Denumire scurtă Activitate | Detaliere Activitate |
1 | A.1.1 Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație L1-3 | Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație (achiziționare prin cofinanțare de noi unități de secvențiere) – achiziționarea și operaționalizarea unui nou pachet MK1B. |
2 | A.1.2 Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads L1-4 | Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads (achiziționare prin cofinanțare de noi unități informatice si de stocare). Experiența în secvențierea long-reads a reliefat necesitatea utilizării pentru analiza bioinformatică a citirilor Nanopore a unor sisteme informatice cu capacități computaționale ridicate. Recent lansatele cipuri Apple M3 oferă puterea de calcul necesară pentru a susține tehnologia Nanopore, integrându-se perfect cu software-ul care procesează citirile instrumentelor MinION și le transformă) în informații utilizabile. Prin prezentul proiect ne propunem achiziționarea unui sistem de calcul complex, precum și a unui sistem mobil de stocare externă LaCie 5TB Rugged USB-C Portable Hard Drive și un sistem automat de salvare a datelor LaCie Mobile Drive Secure. |
3 | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads L1-5 | Această activitate presupune derularea a două sub-activități: SA.1.3.1 Algoritm de analiză prin secvențiere long reads a plasmidelor Vor fi implementate tehnici care vizează toate etapele practice wet-lab (izolare plasmide, pregătire librarii, pregătire și amorsare celulă de secvențiere), precum și analiza bio-informatică a secvențelor generate. SA.1.3.2 Algoritm de analiza prin secvențiere adaptativă, targetată Secvențierea adaptativă presupune concentrarea secvențierii pe regiunile genomice de interes. Vom urmări două tipuri principale de abordări:
|
4 | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT L1-L4; L6-L9 | Organizarea de sesiuni de instruire practică a utilizării instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică a rezultatelor de secvențiere. Aceste sesiuni vor oferi cursanților (focus pe studenții, masteranzii și doctoranzii UMFVBT) experiența teoretică și practică necesară pentru a efectua experimente de secvențiere long reads folosind platforma Nanopore. |
5 | A.3.1 Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT L1-L9 | Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT studenților UMFVBT (nivel de licență/ masterat/ doctorat) care includ componente de analiză metagenomica se va realiza prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați experimentelor de secvențiere long reads, în limita bugetului acestui proiect. |
6 | A.4.1 Management și implementare L1-L9 | Managementul și implementarea proiectului presupun coordonarea echipei proiectului în scopul îndeplinirii obiectivelor asumate, conform calendarul stabilit; realizarea achizițiilor necesare derulării proiectului; organizarea și realizarea sesiunilor de consiliere a resursei umane și susținerea activității de cercetare a studenților/ masteranzilor/ doctoranzilor; publicarea informațiilor despre proiect pe pagina dedicată din site-ul UMFVBT; întocmirea documentelor aferente raportărilor tehnice și financiare, intermediară și finală. |
Nr. Crt. | Rezultat Nomenclator Național – corelare | Detaliere rezultat specific | Activitate aferentă |
1 | RG6.01. Aplicații și instrumente IT | Achiziția și instalarea/ operaționalizarea unui instrument de secvențiere Nanopore MK1B | A.1.1 Extinderea bazei materiale dedicate secvențierii de ultimă generație |
2 | RG6.01. Aplicații și instrumente IT | Achiziția unui sistem informatic cu sistem mobil de stocare externă și sistem automat de salvare a datelor | A.1.2 Extinderea bazei materiale informatice dedicate analizei secvențelor generate prin secvențiere de long reads |
3 | RG6.02. Materiale/ instrumente pentru susținerea cercetării (proceduri/lucrări științifice/suporturi de curs/curricule) | Ghid de proceduri de secvențiere long reads și analiza prin secvențiere a plasmidelor, publicat în pe site-ul UMFVBT, în secțiunea dedicată proiectului. | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads |
4 | RG6.02. Materiale/ instrumente pentru susținerea cercetării (proceduri/lucrări științifice/suporturi de curs/curricule) | Ghid de proceduri de secvențiere targetată/ adaptativă, publicat în format pe site-ul UMFVBT, în secțiunea dedicată proiectului. | A.1.3 Introducerea și optimizarea de noi algoritmi analitici (experimentali și bioinformatici) de secvențiere long reads |
5 | RG6.07. Activități/instrumente pentru susținerea cercetării (workshop-uri, programe de cercetare,consultanță) | Minim două sesiuni de instruire practică privind utilizarea instrumentelor Nanopore și de analiză bioinformatică și interpretare a rezultatelor de secvențiere, pentru studenți/ masteranzi/ doctoranzi sau personal didactic/ de cercetare al UMFVBT. | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
6 | RG6.06. Studenți/cursanți informați/formați/participanți/implicați | Minim 6 studenți/ masteranzi/ doctoranzi participanți la sesiunea de instruire practică | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
7 | RG6.05. Cadre didactice/ personal didactic auxiliar perfecționate/specializate/evaluate | Minim 6 cadre didactice/ de cercetare din acdrul UMFVBT participante la sesiunile de instruire practică | A.2.1 Creșterea performanței în cercetare a resursei umane a UMFVBT |
8 | RG6.07. Activități/instrumente pentru susținerea cercetării (workshop-uri, programe de cercetare,consultanță) | Minim 3 proiecte susținute direct prin achiziția de materiale/ consumabile/ reactivi dedicați experimentelor de secvențiere. | A.3.1 Susținerea implementării proiectelor de cercetare din UMFVBT |
9 | RG6.10. Alte rezultate specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel instituțional | Un raport intermediar tehnic și financiar | A.4.1 Management și implementare |
10 | RG6.10. Alte rezultate specifice domeniului, pe care universitatea le propune la nivel instituțional | Un raport final de îndeplinire obiective și indicatori de rezultat asumați | A.4.1 Management și implementare |